导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
其实引起肛瘘的原因还是比较复杂的，主要的原因可能还是人体的抵抗力下降，人体的抵抗力一旦下降以后，这地方的屏障作用就下降了，细菌就会叫乘虚而入，就经过这些缝隙，跑到肛门周围。
肛瘘的形成，往往是由前期的肛周脓肿，最后破溃形成的肛瘘，而肛周脓肿和肛瘘，肛周脓肿处于初期，急性期，一旦破溃了以后，过两三个月，它就会形成一个瘘管，形成肛瘘了，那么肛周脓肿又怎么形成的，一般都是因为抵抗力的下降，抵抗力下降以后，它就会感染，感染以后形成一个脓包，疖子破溃以后，常会有感染源，产生脓再往外流，这样就形成了一个，肛内和肛门外边，相通的一个管道，而形成了肛瘘。
肛瘘严重会导降低抗病能力。久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。肛瘘易波及其他器官。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。还有肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎。