手术一般要分三次做，首先需先造瘘，使患儿粪便能排出来，这种手术相对简单，然后再根据患儿体质情况，发育情况，再择期手术做肛门手术等孩子一周岁以后再做第三次手术。
肛门闭锁主要是由于原始肛发育异常，未形成肛管，导致直肠与外界不通。新生儿先天性肛门闭锁是一种先天性疾病。可以通过手术的方法进行治疗的，尽快带着宝宝去医院检查，根据检查结果，在外科大夫的指导下，采取手术治疗的办法。
对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。肛门闭锁的手术根据类型不同，选择不同的方法。如低位锁肛：常规消毒不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。
目前肛门闭锁治疗的方法有很多种，肠造瘘，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或低位锁肛术：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。
去医院及时的咨询，因为地域差异导致手术费用也存在差异，去三级甲等医院进行检查，手术费用在两万元左右。观察病情变化，积极进行对症处理，注意在手术之后及时的进行复查，避免感染等。
有多种因素，如环境的因素，饮食，药物等。目前这种疾病跟遗传没有很大的关系，不属于遗传疾病。一旦确诊后建议及早去正规的公立医院，肛肠科手术治疗。越早越好以免影响新生儿的发育。