要根治舌下囊肿的方法是切除舌下腺，而不需摘除囊壁，年幼或体质虚弱而不能耐受舌下腺切除术的患者，可切除囊肿前壁，并将其边缘与口腔粘膜缝合(袋形缝合)。最好根治方法是完整摘除病变组织及腺体。最后患者需要注意的事是，一定要到正规口腔专科医院治疗此病。
做舌下腺囊肿手术要住院更多的是为了病人的安全。舌下腺囊肿多见于青少年，临床表现为囊肿位于下颌舌骨肌以上的舌下区，由于囊壁菲薄而紧贴口腔粘膜，囊肿呈浅蓝紫色，叩诊柔软有波动感。
舌下腺囊肿并不是一定要做手术。如果舌下腺囊肿比较小，发作不频繁，可以暂时不做手术。如果舌下腺囊肿比较大，经常发作，出现吞咽困难、说话困难、呼吸困难等症状，基本上就需要手术。舌下腺囊肿一般都是将舌下腺切除，这样就不会复发了。如果舌下腺囊肿是口外型的，需要将舌下腺全部切除，然后将囊腔内的囊液吸干，然后对下颌下区进行加压包扎。所以手术一般都需要全麻。
舌下腺囊肿是否需要做手术，需要根据实际情况进行判断。
舌下腺囊肿者若小，不会有什么影响，可暂不手术。因为囊肿太小了，不会引起什么不适。但若欲根治，当然，也推荐手术。囊肿较大且易复发的时候，手术治疗效果最佳。所以说对舌下腺囊肿进行有效地摘除非常重要，对于一些小面积的病例，就需要通过切开引流来达到治愈效果，否则很可能导致感染等并发症的发生，给患者带来严重的危害。手术治疗应切除舌下腺，也要摘除囊肿，尤以舌下腺为甚，只摘舌下腺，才不易复发。
舌下腺囊肿属于唾液腺黏液囊肿，据其病因和病理表现的不同，可以分为外渗性粘液囊肿及潴留性黏液囊肿。主要是导管系统的部分阻塞，可由微小涎石分泌物浓缩或导管系统弯曲等原因所致。
