长期的口腔溃疡，有可能是病人自身免疫力较为低下，身体的抵抗力较为差，加之长期的过度劳累，经常熬夜或者是精神因素，遗传因素等导致口腔溃疡长期不能得到好转，也可能是平时没有注意保持口腔卫生有关。
根据口腔溃疡的分类，有创伤性溃疡，复发性阿弗他溃疡等。创伤性溃疡的原因有硬物刺激，不当的刷牙方法，牙齿过尖锐，咬伤等。复发性阿弗他溃疡有，身体激素水平的变化，精神因素，全身系统疾病，缺乏某种维生素，自身免疫因素，营养不良，缺乏叶酸及维生素等。
引起口腔溃疡的原因比较多，如免疫力低下，细菌病毒感染，微量元素缺乏，外伤等，中医理论认为口腔溃疡是因七情内伤，素体虚弱，外感六淫之邪，致使肝郁气滞，郁热化火，心火炽盛，胃火上攻，心肾不交，虚火上炎熏蒸于口而发病。西药治疗口腔溃疡主要采用激素类药物，治疗效果不太好，而且容易产生耐药性和激素的依赖性。
主要的原因可能是有免疫的因素，有免疫缺陷或者免疫异常，或者有系统性的疾病，有可能是局部创伤导致溃疡，或者精神压力、焦虑，缺乏某些维生素，包括维生素B、维生素C或者某些微量元素引起的。
可能由于免疫力低下或者营养不良，有糖尿病，贫血，胃肠道功能紊乱等疾病所引起。其次是口腔内卫生不良，牙周条件较差或者局部有刺激性因素，例如龋齿，残根，残冠，不良修复体等导致的。
经常发生口腔溃疡叫做复发性口腔溃疡或者是复发性口疮，灼痛是其突出特征，一般疼痛是非常明显的，外观是多个或者是单个的圆形或者是椭圆形的，溃疡性的病损表面覆盖灰白或者是黄色的颊膜，中央是凹陷的，周围有时候是突出于表面，有的是平的，边界清楚，周围黏膜有时候会发红，或者是微肿，有周期性、复发性或者是自愈性的特点，任何年龄都可以发生，一般在10天左右可以自愈。
