会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
口臭多是因为口腔问题引起的，另一种原因就是胃热症导致者居多，要及时具体检查原因再对症治疗，漱口水不能代替刷牙，长时间用治疗性的漱口水，可能引起菌群失调等副作用。
孕妇喝漱口水对孕妇健康影响较大的，女性朋友使用漱口水身体发现异常要去医院检查情况，孕妇这期间要讲究卫生，孕妇期间多喝热水，多吃一些营养品，有利于宝宝发育和成长。
一般情况下，龋齿痛可以用氯己定漱口水。但是用漱口水并不能治疗牙疼，漱口水只能辅助保持口腔卫生。龋齿痛的原因可能有很多，包括龋齿、牙髓炎、根尖周炎等。
建议患者及时到医院完善相关检查，明确病因后进行对症治疗，改善不适。同时建议患者在平时要保持口腔部位的清洁卫生，饭后漱口。平时也要少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
孕妇在怀孕期间，由于体内激素水平的升高，往往60%以上的孕妇会出现牙龈的水肿，感染牙龈炎，牙周炎的机会相对增多。在刷牙的时候往往会出现出血的现象，所以这种孕妇往往选择漱口水，所以孕妇是可以用漱口水的。但是要孕妇使用好的漱口水，也可以到口腔门诊去购买专业的漱口水。
