肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
肛门闭锁检查价格是2百-4百元。患者所处的地区不同，地区的经济条件不一样，收费标准不同，治疗费用就会有差异。主要方法首先是造瘘，先解决排便问题，预防并发症，然后进行肛门成形术，目前一般用腹腔镜做这项手术，其优点主要是创伤小，出血少。
腹腔镜微创技术：应用于小儿肛门闭锁手术，可以避免瘘管残留及处理瘘管时留下金属碳夹。或腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术。根据病情选择不同的方法。
先天性肛门闭锁是需要及时进行手术治疗的。手术方式需要依靠宝宝具体病情而定，部分患儿还需要进行几次手术才能完全康复，大部分患儿预后很好。宝宝小，应该好好护理，避免发生吐奶而导致窒息的情况，加强喂养，提供足够营养。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素。
先天性低位肛门闭锁是小儿常见的直肠肛门发育畸形。以往对于不合并瘘管的肛门闭锁常规采用原位“X”切开，而对于合并皮肤病或外阴瘘者则多采用肛门后切术或V形肛门成形术进行治疗。
根据类型选择不同的手术方法。如肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。或是腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术等。
