肛瘘去医院手术治疗，恢复快，愈后不容易复发，手术后用淡盐水或者一些清洗剂清洗一周左右的时间。可以口服一些消炎药或者注射一些消炎针治疗，少吃辛辣刺激的食物，多吃一些新鲜的水果和蔬菜。
最有效的治疗方法是进行手术，具体的分型，对于单纯性的浅表性的肛瘘，可以行切除缝合，比较深的复杂性的肛瘘，需要进行挂线疗法，手术以后需要定期进行换药。严重时需要及时就医。
保守治疗是可以的，肛瘘的治疗原则：找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病，所以要去正规的肛肠医院治疗。
肛瘘可以采用药物治疗：只适用于肛瘘围手术期的调理；或是手术治疗：治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
瘘口、瘘管增加：肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。
