一般来说，包皮上长的水泡主要原因有生殖器疱疹以及包皮龟头炎，需要根据实际情况进行消除。具体分析如下：
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起，可以引起包皮水泡，患者可以在医生的指导下使用阿昔洛韦乳膏进行治疗，可以出现消除。包皮龟头炎一般与包皮过长、局部卫生差等因素有关，患者可以在医生的指导下使用碘伏清洗包皮及龟头，然后在医生的指导下口服头孢类抗生素，感染控制后水泡可消失。
此外，如果症状严重应该及时前往医院就诊治疗，以免耽误病情。
包皮小疙瘩多考虑包皮炎，龟头炎等生殖器感染性疾病。龟头炎的常见病因不洁性生活感染，包皮过长，病原微生物侵入，局部卫生欠佳等，注意个人卫生情况，尤其局部的清洁，生活规律，饮食清淡，多饮水，忌辛辣刺激性食物。
有珍珠疹等病患的可能，珍珠疹的病因尚不明确，无明显症状，也不具有传染性，可以到医院就诊检查以明确诊断，如诊断为珍珠疹可无需特殊治疗，保持清洁卫生即可，也可考虑进行激光治疗，如有包皮过长，可进行包皮环切手术治疗。
应该是生殖器疱疹。生殖器疱疹即发生于生殖器部位的单纯疱疹，是病毒性传染性皮肤疾病，中医属于热疮的范畴。与发生于口角处的单纯疱疹不同，绝大多数通过性关系传染。据有关报道，国外性活跃的青年患生殖器疱疹的很多，发病率甚至高于梅毒、淋病。
阴茎上的皮肤突然出现小水泡，并且为簇集性分布，伴有灼热、疼痛感觉，考虑为生殖器疱疹，生殖器疱疹为性传播疾病，主要是发生在不洁性生活之后，潜伏期一般为3到5天的时间，是比较短的。
包皮上长的红色的小疙瘩有可能是阴囊湿疹，阴囊湿疹是一种发生于男性生殖器部位的变态反应性炎症皮肤病，局部洗干净后涂抹点湿疹膏，还是需要去医院检查比较好，确诊后对症治疗。
