先天性肛门闭锁又称锁肛指新生儿肠道没有出口，有时合并直肠尿道瘘或直肠阴道瘘，其治疗分三种情况：新生儿肛门完全没有出口需立即手术，否则导致肠梗阻、常坏死，新生儿死亡；新生儿并发直肠阴道瘘或直肠尿道瘘，大便从阴道或尿道内流出，这类患儿不会导致死亡，但如尿道或阴道存留粪便太多会引起阴道炎或膀胱炎；如闭塞不通的直肠下端位于控制肛门开闭的肛门括约肌上，应在新生儿出生后在腹壁做一直肠造口（人工肛门），在1岁左右再二期手术造肛门。
肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能肛瘘。
孩子从排小便的地方排出大便可能是患有直肠尿道瘘，或是直肠膀胱瘘造成的，这种病和先天发育异常是有很大的关系的，容易导致严重的感染，应带孩子及时到泌尿外科，或是胃肠外科就诊，明确具体病情后，要及时的进行手术治疗，小儿直肠尿道瘘主要是先天性中、高位肛门闭锁的并发畸形，多数患儿在肛门成形术中一并治疗。平时一定需要养成多喝水的好习惯，同时需要注意孩子的卫生。
可能因为先天性解剖原因或者后天盆腔肿瘤化疗后出现的局部黏膜薄弱所引起的。如果是先天性的，并且盆腔组织都完好无损，可以选择手术修补。如果是化疗导致局部黏膜薄弱破损，可以选择中药保留灌肠。
阴道肛门瘘临床表现为从轻度溢粪到显著溢粪不等，瘘口小或肛门狭窄或肛门闭锁时则表现为慢性不完全性肠梗阻，排便困难，有顽固的大便秘结有时必须灌肠或用泻剂才能排便，若瘘口很大则无梗阻症状但有排便位置异常、排便疼痛和粪便变形症状。
阴道肛门瘘临床表现为从轻度溢粪到显著溢粪不等，瘘口小或肛门狭窄或肛门闭锁时则表现为慢性不完全性肠梗阻，排便困难，有顽固的大便秘结有时必须灌肠或用泻剂才能排便，若瘘口很大则无梗阻症状但有排便位置异常、排便疼痛和粪便变形症状。