孕35天药流是否能流干净，无法明确。
孕35天B超检查发现子宫中有孕囊，孕囊大于5mm，可以服用药物进行人工流产，但药物流产不全的几率为10%，这时服用药物也有可能导致不完全流产。口服人流药出血七日后即可排出，若七日内不洁则说明为不完全堕胎，应尽早到医院进行B超，若发现宫腔内有残余物质，并伴有阴道出血，应立即进行清宫，以免造成大出血、药物人流等并发症，造成不良后果。
怀孕35-49天以内，如果做B超的时候看到宫腔里有孕囊，是可以用药物流产的。药物流产不全流产率能够达到10%，所以不全流产是比较高的。怀孕35天用药物流产也会出现不全流产的。
如果是在做了手术之后，如果继续做手术，那么做人流手术的可能性要比顺产手术少很多。剖腹产手术时，子宫会留下伤疤，所以有一些宫腔组织会被瘢痕阻挡，无法彻底清除。因此，在剖宫产之后最好不要进行药物流产，最好是超导视觉人工授精。通过超声波检查，避免疤痕部位，将其抽出来，可降低残余的发生率。建议患者一定要注意宫腔是否有残留。
一般来说，妊娠49天内想要终止妊娠可以考虑药物流产。如果从药流服用药物后第1天出血算起，在排出孕囊后，阴道流血时间不能超过7天，如果超过7天且出血量多于月经量，考虑药流没有流干净，如果出现这种情况，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
此外，患者应该注意休息，同时避免食用辛辣、刺激的食物，以免影响机体恢复。
无论是人流或者药流对人的身体都是有一定的损害的。药物流产适用于怀孕49天内。人工流产适用于怀孕十周内。无论是药流或者人流，首先要确定是宫内妊辰。药物流产副作用是流血时间较长，有可能有残留。人工流产一般都能做干净，但是有可能引起子宫穿孔，子宫内膜的损伤比较大。