对于复杂性高位肛瘘是需要采取手术治疗，而对于低位单纯性肛瘘则可以采取保守治疗。常用的治疗方法有冷冻治疗、内口塞药治疗以及电疗仪治疗，均是通过药物或者是物理的方法清除肛瘘的内口以及瘘管，这样才可以避免后期出现复发。在保守治疗后，要注意肛周部位的卫生，避免感染发炎。在饮食方面也应该注意清淡，避免辛辣刺激，油腻的食物。
肛瘘建议及早去公立医院，肛肠科就诊。通过口服和外用药物，治疗的作用效果不是很大，容易反复的发作，手术以后要定期的更换药物，必要时引流，保持肛门的清洁干燥，避免感染。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
