先天性囊肿的治疗，要看囊肿的具体位置和，如果位置不重要，对人没有影响是不用治疗的。而如果位置比较重要，对人的健康产生影响，可以通过手术切除，所以具体要看囊肿的位置。
通常情况下，先天性肝囊肿是胚胎期肝内胆管和淋巴管发育障碍所致。具体分析如下：
先天性肝囊肿是由于肝内迷走胆管或胚胎期肝内胆管和淋巴管发育障碍引起的，成人以女性多见，常发生于40岁以上，小儿很少发生，但也有零散报告，发生于肝右叶者比左叶多，且以孤立性肝囊肿多见，临床表现主要有右上腹疼痛、肝大或腹部肿块等，部分可有黄疸。建议患者去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。
先天性肾囊肿不严重。是肾脏一种先天性异常。双侧肾脏披髓质均可累及，但在程度上可不同。先天性肾囊肿瘤病的病因是基因缺失。婴儿型先天性肾囊肿瘤病是常染色体隐性遗传。
先天性前列腺囊肿能好。没有局部的疼痛坠胀，没有尿路梗阻的表现，没有前列腺炎的这些，可以进行保守治疗，出现这些，可以进行手术处理。不要食用辛辣刺激等食物，适量饮水。
在胚胎期肺芽发育过程中出现异常的分支，其远端形成上皮细胞巢，再逐渐分化而形成囊肿，囊肿的管腔呈条索状，与支气管不通或仅有部分沟通，另—种解释认为肺囊肿的形成是在先天性肺不张的基础上，使胚胎期正常的肺结构和上皮细胞的排列发生紊乱而造成。
如果确诊为双肺多发先天性肺囊肿，主要是要预防感冒，平时多加注意保养，再加以适当对症和抗感染治疗。同时也要在平时日常生活中，注意饮食习惯，保持营养均衡，保持健康的体质，提高自身体质的免疫力。
