肛瘘如果不治疗会变得越来越严重，也就是说，皮肤溃疡的程度无法治好，疼痛会更加严重。因此，有必要通过手术治疗肛瘘，如果它是在早期检查。只有手术后才能完全恢复，因为局部用药没有效果。虽然肛瘘在肛门上生长，但这种疾病更常见。不要害羞。
如果只是红肿溃烂代表症状较轻，如果肛瘘持续时间较长，则肛门周围会反复感染，可形成马蹄形肛瘘，严重时导致肛门失禁，甚至长时间肛瘘，也可能导致癌变，就属于肛瘘严重的症状了。
主要是以手术为主，而且根据肛瘘的类型，其治疗方法也是不一样的。比如低位单纯性肛瘘，主要是采取肛瘘切除手术，术后配合溶液坐浴以及红油膏纱条进行换药治疗。如果高位复杂性肛瘘，那么就需要采取挂线疗法、电刀等方式治疗，以免在手术过程中损伤肛管直肠环，进而诱发肛门失禁。
电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
10天-15天可以治愈，冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。