头孢和阿莫西林都属于抗菌药物，它们的区别主要为头孢属于头孢菌素类抗菌药物，阿莫西林属于青霉素类抗菌药物。头孢的过敏反应比阿莫西林少。青霉素过敏者阿莫西林禁用，但部分头孢菌素可以应用，无过敏现象。头孢的抗菌谱广，作用强，耐青霉素酶，可用于耐青霉素金葡菌及某些革兰氏阴性菌如大肠杆菌等感染。
头孢类的药物和阿莫西林都是抗生素，主要针对细菌感染，不具有直接的可比性。抗生素的应用需要由专科医生指导，所以假如患者有不适症状，建议到当地正规医院就诊，在专科医生指导下进行规范的诊疗，不要私自滥用抗生素。
其实一般不赞成头孢和阿莫西林同时服用，因为首先这两种都是抗生素，不是很严重的感染不能联合使用抗生素。其次，头孢类的药物和阿莫西林，抗菌谱有很多是相同的，没必要两者要联合使用。
两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
阿莫西林常口服于敏感所导致的病菌感染引起的泌尿系、呼吸道、肠道、胆道、皮肤软组织等中度和重度的感染，头孢拉定的主要功效是，可用于敏感致病菌引起的上呼吸道、下呼吸道、胃肠道、泌尿系、皮肤软组织等中度重度的感染。
阿莫西林克拉维酸钾分散片适用于治疗如下敏感细菌引起的感染：、下呼吸道感染，耳鼻喉感染，皮肤及软组织感染，泌尿生殖系统感染，其他感染：骨髓炎、败血症、腹膜炎和手术后感染。而头孢用于耐葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌、大肠杆菌等的感染。