如果宫颈囊肿没有病原体的感染，没有接触性出血，就不需要治疗。是一个病变的生理过程，而导致的宫颈腺体管的一个堵塞。可以选择利普刀或者激光的物理治疗，应该定期做宫颈液基细胞筛查。
乳腺囊肿如果为单纯性，并且体积较小，可以使用保守治疗，定期乳腺彩超复查，一般三个月到半年复查一次，定期随访观察。同时避免辛辣刺激性食物的摄入，保持心情舒畅就可以。如果囊肿伴随严重的乳房胀痛，可以使用中医、中药进行治疗。
脑囊肿吃什么药物效果都不好，也没有哪种药物可以治疗囊肿。应该积极治疗，否则随着囊肿的增大，会压迫颅内组织，出现一系列的精神神经症状，严重的甚至能够危及生命。只要治疗及时得当，术后调理的好，是能够完全治好的。
巧克力囊肿的发生是因为子宫内膜异位到卵巢上而发生的，如果想医治巧克力囊肿，唯一的办法就是让女性闭经或者切除双侧卵巢。但是这种方法一般女生不会接受切除双侧卵巢，可以通过药物控制等到女性闭经，巧克力囊肿会自然痊愈。
妇科专家认为，卵巢囊肿这种与内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、排卵机能受到破坏有关的囊肿，单靠西医药物控制治标不治本；手术切除有50%以上的复发情况，中医治疗目前认为是比较可靠的治疗方法、无毒副作用、不易复发，但缺点是疗程长。
