巧克力囊肿是由子宫内膜侵入卵巢引起的，卵巢充血，月经时卵巢出血会增多，可能导致破裂后肿大，巧克力囊肿比较大，保守治疗效果较差，可尝试中药脉调理，可能有效。调节心情。注意休息，饮食，少吃辛辣刺激，少喝碳酸饮料。多喝温蔬菜汤。热敷治疗。
巧克力囊肿的病人可以吃肉。病人在饮食上没有明确的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶等均可以服用。但是对于特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂蜜、蜂王浆或者花粉类的食物，尽量减少食用或者不食用。
巧克力囊肿破裂马上手术，因为囊液播散至盆腹腔会引起急腹症，还可能种植发生子宫内膜异位导致盆腔腹腔粘连，影响以后怀孕。如果是出血不多，那么可以考虑采取保守，根据目前的体质以及检查的结果来综合考虑。需要注意卫生，保持清洁，少吃辛辣生冷刺激性食物，增加营养，安全第一。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
