考虑疱疹性咽峡炎由于病毒感染引起的，病程在一周到十天左右。需要在指导下口服药物，会反复发烧几天的，反复发烧是由于病原微生物没有完全消灭所致，这种继续配合治疗。
儿童口腔疱疹，通常认为由病毒感染所致，但是必须与手足口病加以鉴别。如果宝宝口腔出现疱疹，那么很可能是由于病毒侵犯到了口腔粘膜组织而导致。婴儿口腔疱疹可应用抗病毒药物治疗，亦可用双黄连、清热解毒之药，如板蓝根。如果出现皮疹或口腔溃疡等症状时，可选用红霉素、阿奇霉素等抗生素类药物治疗。当婴儿体温高于38.5°C时，可使用美林之类的退热药。家长不要给患儿服用含酒精的药物，以免加重病情或造成不良反应。
此外，家长应该重视儿童口腔卫生，维持其口腔清洁，每日可用淡盐水为孩子含漱，减轻儿童咽部及口腔不适。
考虑合并有细菌感染，口腔疱疹主要是由于肠道病毒，尤其是柯萨奇病毒、EV71病毒多见。部分孩子也会出现混合感染，出现发热、口腔疱疹，手足可见红色皮疹，后期可出现指甲、趾甲脱落等情况。治疗上需要服用抗病毒消炎类的药物治疗。
口腔疱疹发烧是一种由于缺乏维生素或者是微量元素钙，铁，锌引起的，也可能是柯萨奇病毒感染引起的，多喝水，多吃新鲜的水果蔬菜，可以熬点梨水儿，清热解毒，下下火，加强护理，预防并发症。
一般情况下，宝宝口腔疱疹与感染病毒等有一定的关系。要多注意饮食，配合药物治疗，具体分析如下：
1、平时要多喝一些清淡、流质、不刺激的食物，可以多喝水，可以减轻宝宝的口腔粘膜的干燥，可以涂抹一些止痛的药；
2、如果合并有病毒，需要进行合理的抗病毒药物。如果是因为口腔粘膜破裂而导致的，很有可能是因为有细菌的原因；
3、宝宝如果有口疮、反复发烧、精神差、手、足、臀部等皮肤上也出现了疱疹。如果出现了手足口病等传染病，一定要尽早治疗，避免耽误治疗。
一般来说，3岁宝宝反复发烧5天了，根据实际情况选择合适的方法来治疗。
1、家长需要带宝宝前往医院做血常规、c反应蛋白等检查，了解感染状况，从而明确诊断；
2、如果病程已经超过了五天，建议在医生的指导下口服头孢克洛颗粒或小儿牛黄清心散，进行治疗，从而有利于缓解症状；
3、如果腋表体温超过38.5度，就需要及时吃退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚，还要进行物理降温，有利于身体散热。
