对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
患有肛肠病可以手术治疗，术后注意保养，是不容易复的，每天用清水清洗肛门，温水坐浴，平时要多喝水，多吃点蔬菜水果，少吃油腻辛辣的食物，尽量保持大便通畅，防止便秘。
局部切开排脓术等到形成肛瘘后则需要进行二期手术，如果脓肿的位置较深，此时就需要考虑采用局部切开排脓的方法。肛门脓肿一次性治疗手术，不仅仅适用于脓肿位置较浅者，一般经验丰富的医生，已将肛门脓肿一次性治疗手术，应用于几乎所有的肛门脓肿的治疗。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且逐渐加重，会吃不下，睡不着。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。发热，还会出现大小便不畅、食欲缺乏、失眠。方法只有手术，且越早越好。在无条件或身体条件不允许手术的情况下可以选择药物治疗。
需要及时去医院进行排脓以后才能进行局部碘伏消毒，然后再口服抗生素进行消炎治疗，内裤要宽松，纯棉透气，饮食方面清淡一些，避免各种刺激性的食物的摄入，不要经常坐着。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。