肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘手术后换药可以出现不同程度疼痛症状，病情比较简单的肛瘘手术，伤口创面相对比较小，疼痛症状也比较轻，通常可以耐受。病情比较严重的肛瘘，可能有多个伤口和创面，换药时疼痛症状相对明显一些。另外，随着感染的逐渐控制和病情康复，疼痛症状也可慢慢减轻。
肛瘘手术是否疼痛，与肛瘘类型、痛阈高低等有关：高位肛瘘涉及的肌肉较多，挂线手术对其损伤较大，故疼痛较重；低位肛瘘涉及肌肉较少，故疼痛较轻；与个人体质有关，如果痛阈较高，对疼痛耐受力较好，一般感受不到手术的疼痛；如果痛阈较低，对疼痛敏感，容易感受到疼痛。
肛瘘做完头疼可以采取用药物治疗，肛瘘手术在硬膜外麻醉失败就会选择使用腰麻，这种麻醉就会出现头痛的，本身肛瘘病情说明已经很严重了，想要完全恢复治疗好需要两周的时间，所以这段时间不要吃辛辣刺激性的食物。
肛瘘手术大多采用的都是拔线手术，手术后要定期的绷紧线。然后尽现真的特别的疼，如果疼痛难忍可以吃止疼药。手术以后要勤换药，注意观察伤口，要保持大便通畅，定时排便，保持肛周清洁卫生，勤换内裤，增加体育锻炼，避免久坐久站，可以做一些提肛运动。
肛瘘术后十天左右就不疼了，伤口完全愈合需要二十天左右。术后需要每天肛门坐浴，定期换药。平时注意饮食习惯，禁食辛辣刺激性食物，多吃水果和蔬菜，保持大便通畅。便秘、腹泻会诱发伤口水肿，延期愈合的。注意肛门周围干燥卫生，大便后清洗肛门，避免感染。
