首先一定要给宝宝加强营养，营养均衡，不要乱用药物，可以口服益生菌慢慢进行调理，同时用药物保护胃肠道黏膜。至少需要一周左右。必要的时候可以口服药物或者是采取输液治疗的方法。
肠道菌群失调是一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用抗生素，敏感肠菌被抑制，容易引起菌群失调。
肠道菌群失衡是因为多种因素引起的，造成肠道内各个微生物的失衡。正常的肠道由乳酸杆菌、大肠杆菌、类杆菌等按一定的比率构成。肠道的消化不良、肠道炎症、受凉等有害菌的数量会随着体内内外环境的改变而降低，从而影响肠道的吸收。
平时的饮食尽量清淡些，少食油腻大的、高蛋白的食物，这样母乳也会清淡一些，更利于宝宝肠胃吸收和消化。不用一些抗生素，吃点有助消化的药物帮助食物的消化和吸收，以便恢复宝宝肠道菌群的生态平衡。
建议宝妈平时的饮食尽量清淡些，少食油腻大的、高蛋白的食物，这样母乳也会清淡一些，更利于宝宝肠胃吸收和消化。尽量不用一些抗生素，以便恢复宝宝肠道菌群的生态平衡。宝宝适当服用有益于菌群建立的药物。同时，如果宝宝的消化功能提高了，腹泻的情况好转时，则可以考虑给孩子添加少量辅食。
婴幼儿出现了肠道菌群失调的情况下，会容易产生大便的次数增多，会逐渐有服装的表现，大便会含有未消化的食物，平时也要注意保暖，小心受凉，适量的增加饮水量。建议饮食上也要多加注意。
及时发现菌群紊乱是正确、有效的治疗的先决条件。细菌病的诊断由以下三个方面组成：
1、有无菌状态；
2、菌群失调；
3、引起菌群紊乱。
菌群紊乱的病人，往往会出现严重的痢疾或长期的痢疾，在使用抗生素时，如果出现了腹泻，或者本来的腹泻情况更加严重，就有可能是菌群失调。
菌群失调可以分为三个级别：
轻度（轻度）是一种可逆性的轻度菌群失调，在排除病因后，病情会逐渐好转，症状也会逐渐消失。
Ⅱ级（中等）菌群紊乱严重，清除原因往往无法复原，且多有慢性肠炎；
中度（重度）菌群失调，主要表现为细菌的交替和二次感染。通过对粪便特征的全面的分析，可以发现志贺菌、沙门菌、空肠弯曲菌、艰难梭菌、轮状病毒等具有特异性的诱发因素。
