如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
由于这种疾病可以在盆腔的各个位置出现，所以手术的方式也是不尽相同的，正常如果是开腹手术，费用可能会比较低，大约在10000元左右。如果是使用宫腔镜手术，费用可能会在15000元左右。另外，术后常规应该使用药物，防止双侧卵巢巧克力囊肿复发，这种药物使用3-6个月，价格也是比较高的。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
目前主要有西药治疗、手术治疗和中医治疗技术等，药物治疗主要目的是抑制雌激素合成，使异位种植的子宫内膜萎缩，或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期，但对于较大的巧克力囊肿，不宜采用性激素治疗，腹腔镜是目前手术治疗内异症的主要手段。随着病情的发展，可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。
