先天性肛门闭锁是需要及时进行手术治疗的。手术方式需要依靠宝宝具体病情而定，部分患儿还需要进行几次手术才能完全康复，大部分患儿预后很好。宝宝小，应该好好护理，避免发生吐奶而导致窒息的情况，加强喂养，提供足够营养。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素。
可以采取骶会阴肛门成形术：又称骶会阴直肠成形术，在会阴部肛隐窝处做十字形切口。逐层缝合骶部伤口。黏膜皮肤相互缝合形成新的肛门。或是会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。
目前肛门闭锁治疗的方法有很多种，肠造瘘，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或低位锁肛术：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。
先天性肛闭锁，是新生儿一种先天性发育性疾病，这种疾病可以采取手术治疗，只要通过手术治疗，就可以彻底解决，并不是很难解决的疾病。到正规医院进行检查，然后再做进一步的治疗。
可采用尾路肛门成形术：在会阴部做纵型切口，将游离直肠固定。或是腹会阴肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形术等。确诊后应及早行手术治疗，根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式。
先天性肛门闭锁属于一种先天性的消化系统发育畸形，会影响孩子粪便的排出，不及时处理就会造成孩子死亡。病人应该及时到正规的公立医院进行检查，可以采取手术的方法进行矫正治疗。如果孩子体质较弱，也可以先行肠造瘘手术治疗。
