疱疹性咽峡炎，最主要的是抗病毒治疗，因为主要引起因素就是病毒感染，所以抗病毒是首选治疗。对于儿童患者而言要有对症治疗，由于疱疹性咽峡炎可能引起咽痛或肿胀，或者出现咳嗽、咳痰，甚至出现呼吸困难的表现，出现这些表现的时候要进行对症治疗，可以加用雾化，主要是减轻症状，大概治疗需要1周左右的时间。
疱疹性咽峡炎可有咽痛，发热，咳嗽，检查可见咽部疱疹，抗炎抗病毒治疗有效，初选哮鸣音考虑初选支气管哮喘或者喘息性支气管炎可能，需要雾化吸入治疗，还需坚持输液治疗，去医院进一步检查，明确病情，合理治疗，做好护理，避免出现喘憋。
治疗小儿疱疹性咽峡炎，首先要应用抗病毒的药物对症治疗，根据病情的严重程度决定给药的途径，可以口服、局部雾化吸入和静脉滴入。一般此类疾病不应用抗生素，除非血常规检查白细胞和中性粒细胞增高，提示合并细菌感染，才应用抗菌素。同时要多饮水和流质饮食，补充患者的液体量。出现高热时要及时应用解热药物，避免引起高热惊厥。
小儿疱疹性咽峡炎在水果方面没有饮食禁忌，通常都可以吃。
疱疹性咽峡炎不会影响到饮食，如果是痛苦的，可以选择清淡的、刺激性的、柔软的、富含维生素、纤维素、微量元素的水果。对于水果的禁忌并没有太大的要求，可以多吃些水果，这样不仅可以补充营养，还可以增加我们的免疫力，可以多吃些蛋白质，膳食纤维，碳水化合物，新鲜蔬菜，比如萝卜，当归，还有就是多吃西瓜，不能吃辛辣刺激性的食物，也不能吃海鲜等油腻的东西，还要多喝水。
通常情况下，小儿疱疹性咽峡炎吃半流或者流质食物、维生素丰富的食物比较好。具体分析如下：
疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹溃疡为特征的急性传染性咽颊炎，以粪-口或呼吸道为主要传播途径。小儿疱疹性咽峡炎建议给予清淡饮食，予以半流或者流质食物，如白粥、面条、馄饨、藕粉等，有利于病情恢复，还应进食蔬菜等维生素丰富的食物，比如胡萝卜、菠菜、芹菜等。
疱疹性咽峡炎是一种常见的感染性疾病，一旦确诊，就需要按照以下程序处置：
1.勤洗手，注意饮食卫生。
2.加强患儿的护理，保持适宜的室内温度和湿度。
3.给患儿多喝水，降低患儿的体温，避免体温过高引起惊厥。
4.除了口腔局部用药外，还应给患儿口服抗病毒的药物，可选择小儿豉翘清热颗粒、连花清瘟颗粒等，促进患儿的好转。