有些孩子在肠套叠后，经过保守的整复，可以避免复发，但也有少数的孩子会复发。
肠套叠后局部的肠管壁水肿，引起复套，这是一种常见的病因，尤其是在肠套叠后，穿孔后，局部水肿，造成肠套叠前度。肠套叠经过保守整复后，胃肠功能失调而引起的复套。器质性的原因导致的肠套叠，引起腹部疼痛，必须通过手术来根治。如果单纯的进行保守的观察，是无法根治的，最常见的就是器质性疾病。
正常会随着孩子的年龄增加，症状会逐渐得到有效缓解，但如果反复发生，甚至是无法出现复位时，还需要尽早选择合适的手术方案，不能排除先天局部畸形，具体还需要结合临床，可以到正规的医院进行就诊，进行治疗。
药防止复发。首先，应避免腹泻，尤其是秋季腹泻。平时要注意科学喂养，定时定量，不能过饥过饱，添加辅助食品要循序渐进，慢慢加量。肠套叠主要症状为腹痛、呕吐、果酱般血便，与首次发病的症状是一样的。现在单纯出现一次便血，还不足以定性为该病复发，而且时间也很短，不可掉以轻心。
肠套叠复位后，需要注意观察腹部症状和体征，了解大便情况及血常规检查结果，来判断有没有肠道出血、坏死穿孔的并发症发生。如果灌肠不成功，应该进行手术前准备，积极手术治疗，术中详细探查肠管活力，必要时需要切除坏死肠管。
如果经常有腹泻，肠管痉挛剧烈蠕动，上段肠管蠕动的较快，下段肠管蠕动的慢，上段肠管就会套入下段肠管，形成肠梗阻，可以用气钡灌肠复位，或者是B超监测下生理盐水灌肠复位。
