如果是比较轻的肠套叠可以进行保守治疗。如果腹痛症状较轻没有明显的发热表现。可采取手法复位，氧气灌肠的方法，促使肠道套叠的肠管自行分开来治疗肠套叠，这样可以对人的身体伤害稍微小一点。
急性肠组采用非手术和外科方法治疗，在非手术治疗中，如X-射线空气或钡灌肠剂，在腹腔镜下行盐水复位和开腹手术，进行肠套叠复位或肠切除术。平时看天气变化及时为孩子加减衣物，孩子睡眠时特别要注意不要让肚子着凉。
轻微肠套叠治疗方法首先空气灌肠整复，既是诊断方法，也是治疗方法，是利用特殊仪器，向肠管内注入一定压力的空气，是肠套叠的部位复位，肠套叠多发生于更换辅食的年龄段，或者继发于肠系膜淋巴结，肠炎等，平时注意饮食调理不吃生冷油腻辛辣食物，易消化饮食。
急性肠组采用非手术和外科方法治疗，在非手术治疗中，如X-射线空气或钡灌肠剂，在腹腔镜下行盐水复位和开腹手术，进行肠套叠复位或肠切除术。平时看天气变化及时为孩子加减衣物，孩子睡眠时特别要注意不要让肚子着凉。
对于2岁以下的小孩，发病时间不超过48个小时，可以采取保守治疗。保守治疗分为两种，一种是X线的空气灌肠；一种是在B超监控下进行水压灌肠，这样小孩就不会被X线照射到，这对小孩来说是有好处的。两种方法都能获得很好的恢复效果，两种方法都能达到95%以上的治疗效果。
但如果孩子病史超过48个小时，或者是病情严重，反应不佳，而且孩子年龄在三岁以上，又是急性期，反复肠套叠，很有可能会合并器质性病变。在这种情况下，可以选择微创的手术探查，也可以选择灌肠，核素扫描。
