通常情况下，儿童脑炎好了头疼可能是脑炎的后遗症。具体情况分析如下：
脑炎是大脑实质的急性炎症，一般会出现发热、恶心、呕吐、意识模糊、头疼等症状，如果儿童之前的病情较为严重，或者未及时进行治疗，可能会出现儿童脑炎好了头疼的情况，家长可以按照医嘱给儿童使用安宫牛黄丸、清热醒脑灵丸、安脑丸等药物进行治疗。家长还可以按摩儿童的头部，缓解儿童的头疼。
脑炎头疼会持续一周左右或者两三天。
脑炎的病人如果有颅内压升高，会有头疼的感觉，这种头疼会持续多长时间取决于病人的病情，如果采取积极的药物治疗，可以缓解颅内的炎症，但是这种头痛并不会持续太久，有的病人会持续一个星期，可能只有两三天。建议患者可以及其去医院检查，因为不同的患者这种头疼持续的时间会有一定的差异。
具体没有什么头疼具体时间的长短来判断是否会是脑炎。一种为病毒性引发脑炎，比如肠道病毒、呼吸道病毒等。其他的比如细菌感染，比如杆菌状巴尔通体及该属其他种类细菌，单核细胞增多性李斯特菌等。
首先要排除有病毒感染造成的后遗症的情况。去医院检查一下血象或者是脑部的多普勒，根据检查结果再考虑针对性用药。这几天可以多喝水，加速药物从体内代谢，同时多注意休息。
脑炎的头痛并没有一个固定的位置，脑炎全身毒血症状有发热、头痛、身痛、恶心、呕吐、乏力。少数有出血疹及心肌炎表现。神经系统症状表现为意识障碍，脑膜刺激征。可出现颈肌及肩胛肌弛缓性瘫痪，以致头下垂及手臂不能上举，摇摇无依。脑神经及下肢受累少见。瘫痪2～3周可恢复，约半数肌肉萎缩。轻症可无明显神经症状。
