大部分的肛瘘的瘘管是由直肠肛管周围脓肿引起的，也可以由结肠炎，克罗恩病等特异性炎症，恶性肿瘤，肛管外伤感染引起，但比较少见。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
常见的肛门周围皮肤下是有很多脓肿的，大多数都是因为肛腺被细菌感染后经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成的，婴儿的肛门周围脓肿经常位于肛门周围皮肤下部，脓肿一般大小不是很大。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
最浅的部位是皮下脓肿，而最深的部位是括约肌间脓肿，坐骨直肠窝脓肿，如果位置较高，是盆腔直肠间隙脓肿。也有直肠粘膜下脓肿，如果是这样的脓肿，肛门周围的皮肤看不到任何变化，需要明确原因后再进行下一步治疗，及早去医院就诊。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
