在医院检查确诊后，可以给予制霉菌的药物进行治疗。注意勤换内裤，暂时不要有性生活的情况，以免导致有交叉感染出现，还有加重龟头不适的症状出现的。多食蔬菜水果，增加维生素含量，提高免疫力。
男性霉菌感染一般是由于不洁性生活引起的，此时可以用内外兼治的方法进行治疗，可口服一些相关药物，并用相关药物溶液清洗患处，涂抹一些药膏，除此之外，还一定要注意定期去医院进行复查。同时避免辛辣刺激食物，注意隔离，每天更换内裤，保持局部的清洁卫生很重要。另外所以不能够使用其他的抗生素，一般的抗生素会导致霉菌加重。
霉菌感染治疗期间不能同房。要注意积极配合治疗，培养健康的维生素保持局部清洁避免交叉感染，勤换内裤，内衣和袜子要分开洗，内衣要暴晒，要用开水烫过。治疗期间不要吃辛辣的食物和刺激性强的食物。
曲霉菌感染人体可引起变态反应综合征和侵袭性感染，可侵犯人体皮肤、黏膜、大脑、眼睛等全身各组织器官。治疗曲霉菌感染的药物是，其中首选药物为伏立康唑，疗程至少在6-12周；也可选择伊曲康唑、泊沙康唑、两性霉素b、卡泊芬净及米卡芬净等。抗曲霉治疗多以单药治疗为主，但对于单药治疗失败或无法耐受感染的患者，可选择两种作用机制不同的药物联合治疗，联合治疗可发挥药物的协同或加强作用其疗效比单药治疗可明显更强。
可以选择5%的溶液药物清洗会阴和生殖器，然后口服制抗真菌药物治疗。龟头霉菌感染，通常夫妻二人同时去检查治疗，一般都是双方同时患病的。上药治疗男性生殖器清洁之后可以使用消炎药膏上药治疗。
一般月经来前七天开始用药直至月经来潮，需要三个疗程才能康复，由于个体差异，有的容易复发。分局部用药和全身用药。用药期间不同房，内裤消毒处理，三个月后复查，如果没康复再重复一次，勤换内裤，用过的内裤、盆毛巾均应用开水烫洗。