对于卵巢囊肿直径小于5cm且没有合并不适主诉，查肿瘤标记物CA125、CA199、CEA、AFP等均在正常范围之内，对于此类可以于月经干净之后复查妇科彩超，根据妇科彩超的情况再决定下一步如何治疗。对于直径大于5cm的卵巢囊肿，且复查妇科彩超持续存在，可以选用手术治疗。手术治疗的方案包括腹腔镜和开腹手术，手术方式包括腹腔镜卵巢囊肿剥除术、腹腔镜患侧附件切除术、开腹卵巢囊肿剥除术、开腹附件切除术等。
卵巢囊肿的大小，可以通过自己躺在床上，平躺着然后按压小肚子两侧卵巢的位置，看看是否能够摸到肿块，这也是检查的办法之一，不过这种检查不是很准确。检查方式还是通过B超检查，能够测出囊肿的大小，也能预估生长的速度，判断也更为准确。
卵巢囊肿在年轻的育龄期女性中发病率很高，患者一般也没有明显的症状。如果是比较大的卵巢囊肿，患者可能会在下腹部摸到一个包块。一般情况下，卵巢囊肿的诊断主要依靠B超、盆腔C等检查，这些检查不仅可以发现囊肿，还可以判断囊肿的性质是生理性或者病理性，对医生根据患者的身体情况以及病情，制成合适的治疗方案有一定的帮助。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
卵巢囊肿是一种良性的病变，如果把他脑子的体积不大，比如在5公分之内，还有自限性，对怀孕影响不大。对于伴有月经不调的应积极调理月经，往往会发生一些不良的后果，像腹痛、扭转、感染，还有极个别的发生恶变，会因为对内分泌和排卵的影响而导致不孕。
