手术一般要分三次做，首先需先造瘘，使患儿粪便能排出来，这种手术相对简单，然后再根据患儿体质情况，发育情况，再择期手术做肛门手术等孩子一周岁以后再做第三次手术。
可采用腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。这种情况孩子先天性肛门闭锁手术后肛门失禁，需要注意肛门清洁卫生，饮食清淡规律。
肛门闭锁扩肛后能痊愈，患有肛门闭锁，最好及早的进行手术治疗，否则对孩子的影响也是非常大的，一般采用腹会阴肛门成形术：在会阴部和腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。或是尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形等。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁，可采用低位锁肛或高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。术后要注意孩子的营养，孩子外阴的卫生要保证好的，密切观察。
肛门闭锁主要是由于原始肛发育异常，未形成肛管，导致直肠与外界不通。新生儿先天性肛门闭锁是一种先天性疾病。可以通过手术的方法进行治疗的，尽快带着宝宝去医院检查，根据检查结果，在外科大夫的指导下，采取手术治疗的办法。
这种病是孩子在胎儿时期直肠发生了发育异常的情况而导致的，只能通过手术治疗。一般采用骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。
