该病是先天性疾病，外观看不见肛门在何位置。可根据类型选择腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术等。如肛膜较厚者，可切开皮肤和直肠，将直肠粘膜下牵，与皮肤缝合。术后扩肛，每周2～3次，直至肛门无狭窄为止。
确诊后应迟早行手术治疗，一般施行会阴肛门成形术，也可采用骶会阴肛门成形术。肛门闭锁属于中位畸形，临床常见，由于原始肛发育障碍，未向内凹入形成肛管，直肠发育基本正常，其盲端在尿道球海绵肌边缘，或阴道下端附近，耻骨直肠肌包绕直肠远端，会阴往往发育不良，呈平坦状，肛区为完整皮肤覆盖。
肛门闭锁是出生后无胎粪排出，肛区为皮肤覆盖，哭闹时肛区有冲击感。会阴肛门成形术：切口在会阴中央或可激发环形收缩区的中间，做X形切口，长约1.5cm。切开皮肤，翻开4个皮瓣，其下方可见环形外括约肌纤维。或是高位锁肛，低位锁肛等。可根据类型选择。
肛膜闭锁属于低位畸形，是一常见类型，因胚胎后期发育障碍，原始肛与直肠末端之肛膜吸收异常所致。可采用低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。或是高位锁肛，低位锁肛等，是根据类型选择的。
手术后，有必要检查孩子的食欲是否有所改变。这些天不要感冒，或者注意调节孩子的饮食。它是由先天性发育差异引起的。然而，手术后进行监管通常更安全。多注意观察一段时间，然后去医院复查。不要吃生冷食物，加强营养。
肛门闭锁可采用肠造瘘术，会阴肛门成形术，骶会阴肛门成形术，腹会阴肛门成形术，或者是骶会阴肛门成形术：又称骶会阴直肠成形术，自尾骨尖沿正中向下做切口，直达肛门的部位，黏膜皮肤相互缝合形成新的肛门。
