新生儿发烧39度严重，这种情况可能会引起新生儿明显的脱水，处理时首先需要给新生儿退热，另外需要明确发烧的原因，最常见的就是感染的可能，这种情况下查血的炎性指标会升高，需要抗感染治疗。另外排除感染因素外，常见的原因就是捂热综合症，这个和新生儿喂养的量不足有很大的关系，需要及时给新生儿补充液体或者及时合理喂养。
新生儿发烧可以通过物理降温、使用药物等方法进行处理。
新生儿的正常体温范围是36.0-37.4摄氏度之间，如果体温超过37.4摄氏度，一般意味着新生儿发烧，通常建议使用物理降温的方法进行处理，即用温水帕子擦洗新生儿的身体，或者适当使用毛巾冷敷新生儿的额头；但如果新生儿持续发烧，需要到医院就诊，然后按医嘱使用药物进行治疗，比如头孢类、青霉素类等。
新生儿发烧的原因有很多，如果是因为新生儿的体质较差，内脏功能不完善，所以可以选择物理降温。新生儿发烧要及时查找病因。如果是因为包裹过厚，或者是因为周围的温度过高而导致的，要立即解开，让房间里的温度下降。如果出现发烧，可以使用抗感染的药物。如果新生儿发烧是因为皮肤散热障碍引起的，首先要明确病因，然后进行物理降温。
通常情况下，新生儿发烧可能与感染、缓解有关。
新生儿发烧要及时到医院就诊，一般常见的原因主要是因为新生儿感染引起的，新生儿皮肤屏障功能比较弱，所以不一定有明确的感染灶，新生儿就容易出现败血症，所以这时候要及时到医院就诊，尤其要排除感染，以防引起败血症，甚至是化脓性脑膜炎。另外，引起新生儿发热的原因可能和环境温度有关，如果包被太厚，可以导致新生儿的体温升高，一般打包散热之后，新生儿的体温很快能降到正常。
通常情况下，新生儿发烧38度是否严重取决于具体分情况。
如果新生儿发热38℃，是由于急性上呼吸道感染引起的，精神状态比较好，仅有鼻塞、流涕等症状，一般不严重；
如果孩子发热38℃，体温不是特别高，但是精神状态比较差，吃奶也不好，玩耍也不好，这种情况常是由于重症感染，比如脓毒血症、化脓性脑膜炎等严重疾病引起的，一般比较严重，建议家长带孩子去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。