打干扰素的副作用比较多，最常见的有对骨髓系统的抑制可以出现白细胞、血小板下降；有可能会造成免疫系统紊乱，比如诱发自身免疫性肝炎、甲状腺疾病等；会干扰血糖，对于本身有血糖代谢异常或者糖尿病患者，干扰素有可能会导致血糖紊乱；有可能会诱发精神因素，干扰素有可能会导致患者出现抑郁症或者焦虑症等精神问题；干扰素有可能会导致心脏传导系统出现问题，比如最常见的就是出现病态窦房结综合征。
乙肝干扰素需要打一年左右，乙肝干扰素的治疗疗程，需要结合实际情况来进行分析。如果打到一年的时候，表面抗原的水平依然在持续下降，这个时候可以适当的延长疗程，来追求乙肝表面抗原的转阴，可以延长到96周，或者是72周。
乙肝的病毒携带者，如满足了干扰素的抗病毒治疗，应主动应用干扰素进行抗病毒治疗，但也有其不足之处，例如肝硬化失代偿期肝功能不好的患者，以及引起自身免疫有关的病症，例如甲状腺炎，自身免疫性的肝炎等。
干扰素的抗菌疗法有很大的优势，最大的优势就是可以停止使用。对于一些乙肝表面抗原呈阴性，但表面抗原含量偏低的患者，可以通过转阴来完成乙肝表面抗原的转阴，从而使乙肝病毒转阴，这个几率在30%以上，并且在转移后可以停止服用，周期比服用的护肝类的药物要快一些，大约需要一年的时间。
一些病毒感染性疾病需要应用干扰素进行治疗的，像尖锐湿疣的一些感染。疱疹病毒感染。带状疱疹等都可以应用药物进行治疗。同时还伴有病毒复制比较高的丙肝患者可以给与干扰素注射的。
打干扰素治疗乙肝一般要一到两个月以后才可以看到病毒量降低。干扰素的作用相对较慢，不是直接的杀灭病毒，而是抑制乙肝病毒；所以需要有个过程。这种药物不是想用就能用的，一定要根据各项检查的结果，结合患者的年龄、性别、病史综合分析，选择恰当的治疗时机，才能达到疗效。