垂体性闭经：闭经与垂体功能不足有关，可见于颅脑损伤、席汉氏综合征、颅脑部放射治疗后等。下丘脑性闭经：问题出在下丘脑，可以是神经系统器质性疾病，如炎症、肿瘤、缺血等造成的，也可以是精神因素、环境改变、全身疾病、营养不良及药物影响造成的。
导致闭经最常见的原因是激素水平异常，青年人跟卵巢早衰有关系，不过可以通过药物控制，另外饮食方面可以多吃些补气血，有营养的食物，多进行户外活动调理心情，不要有太大的心里压力。
硬皮病可导致闭经。
硬皮病为慢性自身免疫性疾病，发病率高，引起全身多系统受累、累及多脏器，故女性生殖系统亦有累及表现，会出现月经紊乱的症状，月经不调等，自然有经量减少或经期紊乱乃至闭经。由于该病发病原因尚未完全明了，所以一般认为与遗传因素、感染、内分泌失调及精神心理因素有关，目前还没有方法可以治愈此病。如果出现什么不舒服，若有月经紊乱或停经，应及时求诊。
子宫囊肿是不会引起闭经的，可以去医院看看，查个血HCG，先排除怀孕，做个B超了解子宫内及盆腔的情况。囊肿大小不等，一般较小而分散。可单独出现，亦可多个出现。可发生于宫颈的任何部位。对生育无明显影响。一般不会引起闭经。月经不来有可能是与怀孕或是激素水平的变化有关的。
卵巢囊肿不会引起闭经。巧克力囊肿最明显的症状就是月经来的时候疼的厉害，月经期长，巢囊肿分为两种类型，生理性的卵巢囊肿和病理性的卵巢囊肿。因为每个月经周期，女性卵巢内卵泡都有一个卵泡逐渐的长大，长大成熟以后，这个卵泡就要破裂，破裂以后里边的卵子才能够排出来。生理性的囊肿是卵泡长大后，卵泡无法破裂，卵子无法排出，所以卵子无法与精子结合，不能受孕。但是卵泡内的颗粒细胞是会发生转变的。
