支原体、衣原体感染后，有可能会自愈。
衣原体感染一般会导致宫颈炎、盆腔炎等疾病的发生，严重的还会影响生育。支原体是条件致病菌。如果是生殖支原体感染，治疗是很常见的。如果是解脲支原体感染，并伴有支原体感染症状，需要及时治疗。
解脲支原体感染无症状时是否需要治疗目前尚存在争议。人型支原体和牛型支原体感染，一般不需要治疗，也不需要治疗。
妇科衣原体吃抗感染的药。
妇科衣原体检查时要先进行药敏试验，确定哪些药物比较敏感，才能更好的进行治疗。常见的包括克拉霉素、左氧氟沙星等。如果存在一定的耐药性，一般要在半个月内停止服药，一周后再到医院做检查。不要吃辛辣、刺激性的食物，并且要经常更换内裤。
衣原体肺炎一般指肺炎衣原体肺炎，可以使用阿奇霉素、罗红霉素等药物治疗。
肺炎衣原体肺炎是肺炎衣原体感染导致的肺部急性炎症，主要通过飞沫传播，常表现为发热、咽痛、头痛，症状通常较轻，患者可以在医生指导下使用阿奇霉素、罗红霉素、多西环素、左氧氟沙星等药物治疗。
如果是咳嗽、咳痰比较严重，可以服用氨溴索、右美沙芬等，如果体温高于38.5℃可以服用退烧药，比如对乙酰氨基酚、布洛芬等。
如果机体受到支原体感染引发咳嗽症状，关键是要采取抗感染治疗。首选药物为阿奇霉素、罗红霉素等大环内酯类抗生素。
大环内酯类抗生素有红霉素片、乙酰螺旋霉素片、阿奇霉素片、罗红霉素片、克拉霉素片等，是临床上比较常见的抗菌药物，对革兰阳性球菌和阴性球菌、厌氧菌、军团菌、支原体等病原体均有一定的抗菌效果。
肺炎支原体衣原体可以使用抗生素。
如肺炎衣原体感染，可使用大环内酯类抗生素，例如罗红霉素和阿奇霉素，也可给予四环素类抗生素，如米诺环素。另外，还要注意患者是否合并其他疾病，例如糖尿病，同时需对症处理，如有热等情况，然后服布洛芬。
但是以上药物都需要在医生的指导下使用，以免用药不当，损害身体。
支原体衣原体感染建议吃四环素类药物、大环内酯类药物。
1、四环素类药物：临床上常见的四环素类药物有盐酸多西环素分散片、土霉素片等。服用后对支原体、衣原体均有较高的敏感性。
2、大环内酯类药物：该类药物常见的有红霉素肠溶片、罗红霉素分散片、罗红霉素分散片等。
