应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；症状及病变均严重的无生育要求可行性手术。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
巧克力囊肿是妇科当中比较常见的现象。巧克力囊肿会出现的危害，造成女性月经不正常：很多女性出现月经不调的症状，还有些女性还会出现腹痛、性交痛等症状，都会给女性造成很大影响，因为巧克力囊肿引起囊肿的破裂，就会使得盆腔内积血，造成剧烈的腹痛，造成弥漫性腹膜炎：因为女性不及时治疗导致囊肿破裂，小破口就可能和周围组织形成粘连，但是如果破口大，就可能使得巧克力样液流入腹腔，刺激周围的腹膜，造成弥漫性腹膜炎。
卵巢巧克力囊肿并不是都需要进行手术，到医院进行检查，通过医生的检查之后才能够给出正确的治疗方法，若囊肿直径小于5cm，没有明确症状可以不治疗，可以2-3个月进行一次复查。若随访中发现囊肿增长较快，手术剔除囊肿并做病理检查。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
