发现时应及时去检查，若结石只是卡在隐窝部位，则可以选择用镊子取出即可，也有一部分与隐窝表面紧紧地结合在一起，这时可选用一些相关的器械进行操作，操作时动作要轻，避免损伤扁桃体。
如果结石比较少，也比较小，有咽部异物不适感，或常有气味臭的颗粒样物咳出，可到耳鼻咽喉科，让专业医生取出。如果扁桃体结石比较大，并经常性出现，或由于扁桃体结石存在，引起慢性扁桃体炎反复急性发作，需要行扁桃体切除手术治疗。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石需使用手术处理治疗。需要到医院完善检查，明确病因病情，给予针对性治疗处理。生活中注意个人卫生清洁，合理饮食清淡，避免辛辣刺激食物，补充维生素微量元素等，在医师指导下选择好的手术治疗方案。
扁桃体结石并不是每个人都会出现的，多见于不注意口腔卫生的人群，扁桃体结石在于预防，要养成饭后漱口的习惯，早晚要刷牙，而且多喝水等措施都可以减少扁桃体结石的形成。因为扁桃体结石是食物残渣残留在扁桃体隐窝形成的，一般都是比较顽固的，很难去除，只能在纤维喉镜直观下进行清理。如果因为扁桃体结石导致扁桃体发炎，而且反复发作，就要考虑手术切除扁桃体。
