皮下真菌病和全身性真菌病统称为深层真菌病。我国深部真菌病的发生率急剧上升，这与广谱抗生素、类固醇、免疫抑制剂、器官移植、导管手术、糖尿病、爱滋病等因素有关。可通过如下方式治疗：
1.临床上以念珠菌、隐球菌、曲霉菌等最多，治疗深部真菌性疾病首先要消除各种诱发因素；
2.其次要根据患者的具体情况选择不同的抗菌药物：两性霉素B是目前常用的治疗药物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等药物都可用于治疗该疾病。
真菌感染可以看感染科和皮肤性病科。
真菌感染是一种常见的真菌感染，需要及时就医，常见的真菌感染有念珠菌、新隐球菌、曲霉菌等病菌的感染。如果真菌感染发生在毛发、皮肤、指甲等表面较浅的部位，可以前往皮肤性病科进行检查。如果真菌感染影响到口腔、消化道、内脏等器官，并在血液中扩散，扩散到整个身体，应前往感染科就诊。
真菌感染需要到医院的皮肤科进行检查以及治疗的，真菌感染是属于皮肤问题，要是明确有真菌感染，这时可以采取抗真菌药物进行治疗，在治疗期间尽量避免跟病人有密切接触，以免引起交叉感染。
外阴真菌感染建议挂皮肤性病科或妇科。
外阴真菌感染是一种常见的霉菌感染，也就是外阴阴道假丝酵母菌病。当患有外阴阴道假丝酵母菌病的时候，会出现外阴瘙痒、白带增多、颜色变化、凝乳状豆腐渣样。如果是外阴阴道假丝酵母菌病，建议去医院挂妇科或皮肤性病科，做白带常规检查，根据检查结果进行治疗。在治疗外阴阴道假丝酵母菌病的时候不要同房，避免交叉感染，从而影响治疗。外阴阴道假丝酵母菌病是一种很难治愈的疾病，而且很容易复发。
真菌感染一般不能自愈。
皮肤霉菌感染通常不会自行治愈，要有针对性的应用一些抗菌药物。浅表皮肤的霉菌性炎症，可以用药治疗，比如：浅表皮肤的霉菌，比如：体癣，花斑癣，足癣，股癣等，可以口服联苯苄唑乳膏，特比萘芬乳膏，萘替芬酮康唑乳膏，阿莫罗芬乳膏等，这些都可以通过一定的剂量进行治疗。
