可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
如果出现了恶心干呕，首先可能是出现了慢性咽喉炎，或者是出现了反流性食管炎，胃肠胀气的原因，导致的还是尽量避免吃辛辣油腻生冷的东西，尽量清淡饮食为主，可以配合使用益生菌，调整肠道菌群。如果出现了胃肠胀气的情况，可以配合顺时针按摩腹部。
对于患有多头畸形的儿童，睾丸固定的年龄越来越早。大多数人认为两岁前做手术更好。对于低隐睾，手术也可以在6岁之前进行。多睾丸炎的治疗因人而异，肿瘤和扭转需要手术切除，而其他病例可以保留睾丸，但需要常规检查，包括超声波检查，以排除早期肿瘤。如果额外的睾丸发育良好，没有病理变化，就不需要切除。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
