分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
胃肠道间质瘤也有一定的恶性程度，和肿瘤的核分裂相有直接的关系改变，在确诊之后应首选手术治疗，手术之后会有较高复发以及转移的可能。对于不能够手术或者手术之后伴有复发，手术之后分期不是早期的，需要服用靶向药物进行治疗。
胃肠道间质瘤是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，占消化道间叶肿瘤的大部分。可进食软饭，主食与配菜宜选营养丰富，易消化食物。忌食生冷、油煎，酸辣等刺激易胀气食物，避免辛辣，碳酸饮料，避免过酸、过甜的食物。
胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
胃肠道间质瘤这种疾病确实在临床上很容易反复发作，即便是做了手术也可能会复发，通常这种胃肠道间质瘤要看具体的病理情况必要时采用化疗的方法治疗。同时可以咨询一下做手术的医生，提供一个合理的治疗方案。
