治疗主要是以抗病毒治疗为主。有潜伏期、爆发期、疱疹期、愈合期四个时期，疱疹型咽峡炎存在着一定的潜伏期，并不是当场突然患病，潜伏期大概是2到4天的时间，还有的少数人的潜伏期是俩周左右，发病时间就在春秋两季比较高，临床表现是发热、咽痛、咽峡部粘液小疱疹和浅表溃疡。
疱疹性咽峡炎可能是由肠道病毒感染引起的疾病。它具有很强的传染性，但成年人有很强的免疫力，一般不会被感染。只有当成年人的免疫力低下和过度劳累时，他们才会变得具有传染性。
疱疹性咽峡炎是因为肠道病毒感染引起的咽喉部的一种发病比较急的炎症，疾病在早期是有传染性的，不管成人还是儿童，都是会导致传染的。不过是成人的免疫系统相对来说成熟一些，传染的概率较儿童会小一些。
2个月的宝宝会传染到疱疹性咽峡炎，疱疹性咽峡炎传染性较强，可通过亲密接触，经口或呼吸道传播。如接触病毒感染的衣物、玩具、餐具等都可能被传染。如果发现幼儿园、学校里有孩子患疱疹性咽峡炎，应及时隔离，避免与其他小朋友接触。
潜伏期疱疹性咽峡炎感染后一般不会马上发病，时期称之为潜伏期。前驱期疱疹性咽峡炎的潜伏期过后，便是前驱期。水疱期当病情继续发展，患儿开始进入水疱期。溃疡期当口腔内水疱继续发展2-3天后，患者会出现低烧或者烧退的现象，但水疱开始破溃，口腔出现溃疡面，患儿开始感到口腔疼痛，出现流口水、拒食等症状。
是具有一定传染性的，病原体可以通过飞沫或直接接触的方式而传染。需要结合咽部的相关检查以及血常规检查明确诊断后，要做到相对的隔离，比如尽量的进入人口密集的地方佩戴口罩等。由于这类疾病并没有特效的药物，目前的治疗更多的是对症处理，咽喉部疼痛特别剧烈，可以适当的使用抗菌素治疗，同时注意漱口，保持口腔卫生。
