小儿先天性直肠肛门畸形疾病没有什么特效药物治疗，主要就是进行手术治疗。可以去当地公立医院儿科门诊，小儿先天性直肠肛门畸形疾病世一种先天性的发育畸形而导致的，容易出现在小儿身上。
可能会导致排便不畅，甚至引发内脏出现压迫性疾病，及时将检查结果交给肛肠科的医生与肛肠科医生沟通，具体治疗方案配合医生进行治疗，日常生活当中饮食避免辛辣刺激的食物。尽量以流质食物营养丰富，有利于营养的补充。
便秘上厕所肛门出血可以采用以下方式进行治疗：
便秘就会出现大便硬结、排便困难等表现。便秘上厕所肛门出血，有可能是由于粪便坚硬或是排便用力造成的，或是引起肛管粘膜渗血，或是引起了痔疮、急性肛裂等。而要想有效地解决问题，就必须要解决问题，消除病因，才能有效地治疗。便秘可以用开塞露来软化粪便，促进肠胃蠕动，促进排便。平时注意清淡饮食，不要食用辛辣刺激的食物。
先天性肛门直肠畸形是新生儿期最常见的消化道疾病，其病因和胚胎发育机制目前尚未完全明确。先天性肛门直肠畸形，从最轻症的膜状肛门到严重的泄殖腔畸形。前者仅需简单手术能达到良好的手术效果，后者手术操作难度大，费时，尽管能重建肛门，但术后仍存在排便、排尿及性功能障碍，部分新生儿因肠梗阻或伴发的疾病需要做紧急处理。
先天性直肠肛门畸形就是患儿的直肠和肛门部位出现畸形了，例如先天性肛门闭锁就属于以上畸形的一种了。先天性直肠肛门发育畸形非常多见，并且类型众多，直肠盲端和瘘管的位置各异。其发病率在新生儿中为1∶1500～5000，占消化道畸形的首位。可以根据检查的结果看看是不是需要手术进行治疗。