一般来说，儿童睡眠障碍有如下病因：
一、儿童睡眠障碍的病因可能是儿童呼吸睡眠暂停综合症。
二、儿童睡眠障碍的病因可能是遗传，主要基因异常造成的。
三、儿童睡眠障碍的病因可能是环境，比如入睡相关障碍。
四、儿童睡眠障碍的病因可能是环境遗传与环境作用的结果。
导致儿童睡眠障碍的原因比较，可能与睡眠习惯不良，精神因素、社会心理等因素有关。
纤维肌痛症相关性睡眠障碍与运动、损伤、肌肉疲劳、病毒感染、免疫机能紊乱等因素有关。
大部分病人会出现苦恼、焦虑、抑郁、紧张等症状。目前，人们普遍相信，五羟色胺是一种上升期的投射系统的抑制性传递素，与觉醒和入睡有关，在睡梦中，大脑中五羟色胺浓度升高，而在清醒状态下则会降低，而在睡梦中，血液和大脑中的五羟色胺浓度会降低，从而导致对痛觉的敏感度升高，从而导致失眠、忧郁症和痛楚。
目前认为主要的“睡眠调节中枢”位於下丘脑腹前区，即视交叉上核，该区病变除导致睡眠-觉醒周期紊乱外，还可导致体温及进食活动的改变。医学上对睡眠的探讨，始於寻找“睡眠中枢”，位於下丘脑或第三脑室侧壁的病变能够产生持久的昏睡，但非生理性睡眠，亦不能解释醒-睡周期。
不规律的睡眠觉醒周期或睡眠不足等睡眠障碍，都可能成为睡眠型癫痫的促发因素。睡眠型癫痫的发病可能与病人的身体素质、性格有关。胎儿生产过程中，产伤也是引起睡眠型癫痫的一个主要原因；颅脑外伤。
睡眠呼吸暂停低通气综合征的发生，一方面跟呼吸中枢调控功能不稳定增强有关，呼吸中枢反应性降低与神经，内分泌等很多因素都有关联。另一方面发病有家族聚集性和遗传倾向，大部分患者存在肥胖，扁桃体、腺样体肥大，舌体肥大，下颌后缩等情况，因为上呼吸道狭窄会导致气流不够通畅。因此治疗时要根据患者的不同情况，制定有针对性的治疗方案。
新生儿期和婴儿期首次有癫痫发作多为脑器质性疾病，如产伤、感染等，青春期后常转化为全身性强直一阵挛发作。又，婴儿痉挛症多在1周岁以内开始，数年原发性癫痫多在20岁以前开始发作。而癫痫治疗不及；随着年龄的增长，大脑也随之发育，而研究表明，大脑的发育过程也影响癫痫的发作形。