新生儿黄疸光疗最主要的副作用是对眼睛的伤害，还有对生殖系统的伤害。但是在进行操作的时候，会避免，会用黑布遮住婴儿的眼睛和婴儿的，这样就不会有副作用。
新生儿黄疸值主要是通过新生儿黄疸仪在孩子额头、前胸各个部位照一遍，两个地方的数值平均起来即为孩子的黄疸情况。另外也可以进行静脉血生化法或是微量胆红素法测量。
新生儿的黄疸值在5-7mg/dl之间属于正常。如果是超过这一数值就是黄疸，主要是因为血液中胆红素的浓度超过正常值，而出现了肉眼可见的皮肤发黄。黄疸主要是区分一下生理性黄疸和病理性黄疸。其中，生理性黄疸主要是足月儿应该在2-3天出现黄疸，4-5天高峰，5-7天消退，但是最迟不会超过两周。
一般情况下，生理性的黄疸是在新生儿中的85%。足月子宝宝在3-4天内会有黄疸现象，一般情况下，一般不会出现在5-7天内或者是85微摩尔/L。如果超出这个数值，就会被认为是病理性的黄疸。顺产期的婴儿需要到医院做进一步的检查，检查是否有无黄疸。此外，可以在家观察皮肤颜色、巩膜等情况，如果不能确定要尽快去正规的医院检查，如果是生理性黄疸，则不会对身体造成太大的影响。
新生儿生理性黄疸不属于疾病，属于一种正常的生理情况。新生儿的生理性黄疸通常发生在2~3天，4~5d是最高的，足月儿5-7天逐渐消失，最晚2个星期。早产儿出生后3~5天开始发育，5~7天达到峰值，7~9天消失，最多持续3~4个星期。新生儿生理性黄疸对机体危害不大，多可自愈，严重者可出现败血症、肺炎等。
新生儿黄疸不一定是病理性黄疸，也可能是生理性黄疸。
生理性的黄疸是所有的婴儿都会发生的，通常会出生后在2-3天左右的时间里出现，一般4-5天后就会消失，很少会再发生。病理性黄疸一般在出生后24个小时之内就会发生，这种情况会持续很久，容易反复。病理性黄疸容易引起神经和大脑的损伤。除了黄疸，还会表现为精神衰弱、昏昏欲睡、双眼斜视、肢体僵硬、痉挛等症状。