一般肛瘘都能治疗，肛瘘是可以采取保守方法治疗的，一般只能减轻症状或者是很少发作的状况，可以选择微创无痛手术进行治疗，患者的痛苦比较小，一般是不需要住院的，半个小时就能治疗好。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘术后应注意休息，忌食辛辣厚味食物，以营养丰富易于消化食物为宜，如牛奶，鸡蛋，青菜，水果等。多吃含优质蛋白质、维生素C、E，蛋白质是人体除骨骼外的构成成分，VC+蛋白质是形成血红蛋白皮肤的主要成分，VE可以帮助伤口更好的愈合不易留下太大的伤痕。
肛瘘表现可通过以下共同特征自己检测：排脓是其主要症状。新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管通畅无炎症，一般无疼痛，只有肛门局部轻度肿胀，步行可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，增加排便或疼痛时疼痛加重；瘙痒，肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
肛瘘如果多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。还有肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
