大便有霉菌可以通过药物进行治疗，具体分析如下：
如果病人查大便涂片或大便培养中出现了霉菌（+)，就说明有霉菌感染。如果大便涂片显示有少量的霉菌，可以口服一些益生菌制剂，例如地衣芽孢杆菌活菌胶囊、复方嗜酸乳杆菌片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等。如果是霉菌的数量比较多，需要口服氟康唑等药物，也可以通过静脉滴注来进行治疗。
顽固性霉菌需注意个人卫生、饮食习惯，按疗程进行药物治疗达到痊愈。
首先，应改变生活习惯，如袜子和内裤严格分开来洗，洗袜子和洗内裤的香皂也需严格分开。其次，临床症状消失以后，连续三次做白带常规的化验都显示阴性，才可停药。性伴侣应一同治疗，性伴侣不治疗，可能会造成交叉感染，使霉菌一直顽固，达不到治愈的目的。饮食少吃酸辣刺激性食物。少用抗生素，避免引起菌群失调，以上三方面都注意到，可加快顽固性霉菌的治愈。
主要是考虑不注意清洁卫生，进食不洁食物引起的肠道感染，主要是霉菌等引起的。可以要对症治疗，可以使用杀菌药物，杀灭霉菌等，促进肠道有益菌群生长，平时餐具要消毒，注意清洁卫生。
大便霉菌阳性是严重的。
排便霉菌阳性很严重。可能就是因为患者身患消化道疾病。例如结肠直肠癌。肠癌患者排便霉菌阳性。还会造成排便出血。血量变少，血的颜色深暗。例如肠息肉。肠息肉患者最多见于青少年以及儿童。肠息肉患者也可引起排便霉菌阳性，乃至出血症状。强烈腹痛，乃至肚胀，提议及早治疗。
应注意平时的休息少吃辛辣的食物。
一般情况下，宝宝大便化验有霉菌可以采用以下方式进行治疗：
如果受到霉菌感染、肚子受寒、肠道炎症等都会导致宝宝大便化验有霉菌。如果宝宝的病情不是很重，可以口服蒙脱石散，起到一定的预防和治疗的效果。另外，还可以口服一些益生菌类的药物，比如服用双歧四联活菌颗粒，可以调整肠胃的微生态，促进细菌的生长，能够缓解症状。平时注意宝宝的饮食卫生。
