巧克力囊肿穿刺术是容易复发的，只有切除卵巢才可以不再复发，只要有月经的来潮，就有可能复发的。巧克力囊肿一般都是手术切除，没有更好的方法，手术以后应该调整个人的情绪。
巧克力囊肿预防需要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。尽量少做人工流产和刮宫，做好计划生育。女性月经期一定要禁止性生活。
短期内可出现腹胀、腹部肿块、腹水等恶性巧克力囊肿，腰里疼痛或下肢疼痛的症状，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果盆腔静脉压缩，平时要注意经期避免剧烈的活动，注意自身保暖，避免感寒着凉。防止复发。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
