一般是可以治疗好的。通常都是采用手术治疗。方法有腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或会阴肛门成形：在会阴中央或可激发环形收缩区的中间,做X形切口，长约1.5cm，切开皮肤，翻开4个皮瓣，其下方可见环形外括约肌纤维。
目前治疗的方法有很多种，可进行会阴肛门成形术，也可考虑先在腹部作人工肛门，然后再进行直肠肛门吻合。先天性肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，由于原始肛发育异常，未形成肛管，致使直肠与外界不通。在中医学中称为肛门闭合。肛门闭锁属于中位畸形，临床常见。
手术后，有必要检查孩子的食欲是否有所改变。这些天不要感冒，或者注意调节孩子的饮食。它是由先天性发育差异引起的。然而，手术后进行监管通常更安全。多注意观察一段时间，然后去医院复查。不要吃生冷食物，加强营养。
肛门闭锁检查价格是2百-4百元。患者所处的地区不同，地区的经济条件不一样，收费标准不同，治疗费用就会有差异。主要方法首先是造瘘，先解决排便问题，预防并发症，然后进行肛门成形术，目前一般用腹腔镜做这项手术，其优点主要是创伤小，出血少。
肛门闭锁的手术根据类型不同，可采取肠造瘘，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形等。如腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。
根据MRI的临床分类制定不同的手术方案，对中位无肛常规采用Pena手术后矢状入路，对高位无肛盲端距肛窝距离小于3.5-4.0cm无瘘3.5cm，有瘘4.0cm采用Pena手术，大于此距离采用腹腔镜辅助手术，95-98%的患儿均采用一期手术，充分利用电刺激及纤维外科技术，不仅避免了开腹的巨大创伤,而且保证了新直肠能准确通过括约肌中心，达到了最佳排便功能。
