一般情况下，小孩吃肠虫清有副作用。
孩吃肠虫清大多没有什么严重的不良反应，少数病例有轻度的头痛、头晕、恶心、呕吐、腹泻、口干、乏力等不良反应，是不需要处理的，它是可以自行的消失的，一般不需要特殊治疗，家长平时需要注意宝宝的饮食，均衡营养，同时还需适当带宝宝出门活动，能够促进宝宝身体的新陈代谢，让宝宝更快的生长发育。
吃完肠虫清后并没有什么反应，大多数服用肠虫清后几小时会有驱虫效果，也有少数可能在一周左右才会有驱虫效果出现。一少部分服药以后会出现轻度头晕，头痛，恶心，腹泻，乏力，口干等症状，这是药物的不良反应。
所有的打虫药都是弱毒性，没有确诊有虫前不要轻易服用。
小孩肚子疼的原因可能是：肠痉挛、肠系膜淋巴结炎等。建议及时就医明确病因再用药治疗。着凉腹痛是一过性的，腹子内有气，轻轻拍动有鼓声。建议检查腹部浅表超声，看肠系膜淋巴结是否异常。不让孩子脚部、腹部着凉，不吃生冷的食物，贴暖气贴。检查粪便，若有虫卵再打虫。
肠虫清口服，2岁以上儿童及成人2片，2岁以上儿童单纯蛲虫、单纯轻度蛔虫感染每次1片。仅服一次。药片需用水送服。有些人，特别是小儿，药片完整吞服可能有困难，可以将药片压碎或嚼碎，并用少量水服用。
一般情况下，不管是否有肠道寄生虫，正常使用肠虫清，对人体几乎没有什么影响，会有一点点腹痛，大便性状还可能出现一点不正常，应该注意观察，通常两天后都不会有什么毛病。如果发现孩子的肚子里有虫体，一定要及时进行驱虫治疗。最近应加强对小孩子大便中有无蛔虫卵或蛔虫的观察。
此外，小孩吃肠虫清后应该合理饮食，避免进食油腻、辛辣的食物。
首先2岁以下儿童不适合服用肠虫清，有蛋白尿、化脓性皮炎以及各种急性疾病禁用。蛲虫病易自身重复感染，服药2周后应重复给药一次。脑囊虫病人必须住院治疗，以免发生意外。如果合并眼囊虫病时，必须先手术摘除虫体，再进行药物治疗。
