皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
皮下囊肿可以不手术的保守治疗也可以。皮下囊肿分为腱鞘囊肿、皮脂腺囊肿、表皮样囊肿等，治疗方法不一样。腱鞘囊肿发生在四肢的腱鞘上，质地比较硬，开始包块比较小，约绿豆黄豆样大小，后来可以慢慢的增大。
如果皮下囊肿的情况在短时间内没有什么明显变化的话，可以先不用处理的。如果短时间内生长迅速，或者是有疼痛，红肿溃烂等情况的话，需要及时去医院的普外科就诊，进行手术治疗。头上长了皮下囊肿，这是皮脂腺囊肿，是腺体阻塞的原因，容易感染的。皮脂腺囊肿，这个是外科疾病，可以去医院外科手术治疗的，这是小手术，不要担心。
最好是要做手术的好，因为现在做手术，怕周围组织被脓液感染导致切口的不愈合或者延迟愈合等情况的发生，最好遵医嘱进行治疗。预防感染的风险的，观察伤口的情况，也不要吃刺激性的食物，这几天尽快卧床休息，减少不当的运动预防感染或者浮肿的情况。
囊肿的大小切开皮肤的，具体有多大是按照囊肿的大小来切开的，只是在皮下，是一个小手术，一般1到2周就可以恢复的，在做手术的时候会打麻药，没有痛苦的，术后要保持伤口周围清洁，每天用碘伏消毒，预防感染，穿棉质透气性好的衣服，拆线以后就可以洗澡。
皮下的囊肿也属于肿瘤的一种，肿瘤的发生与吸烟以及不良的饮食生活都一定的关系。
囊肿也属于良性的病变，一般少发生恶化，若无症状动态观察，若有症状则以手术切除或者是局部微创治疗为主，能临床治愈;良性的肿瘤，不具有过渡性的增值特性，有些良性的肿瘤，仅局部的刺激后可有恶变的倾向，建议要动态观察，若增长迅速，建议活检或者是手术切除治疗。
